ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตราด จึงได้จัดตั้งขึ้นตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 2543 โดยมีสำนักงานชั่วคราว ตั้งอยู่ภายในโรงเรียนตราษตระการคุณเดือนเมษายน พ.ศ.2544 ได้ย้ายสำนักงานชั่วคราวจากเดิมภายในโรงเรียนตราษตระการคุณเนื่องจากที่ตั้งอยู่ห่างไกลจากตัวเมือง ซึ่งได้รับความอนุเคราะห์จากท่านผู้อำนวยการมานิต ตันสกุล ผู้อำนวยการโรงเรียนตราดสรรเสริญวิทยาคม ให้ใช้สถานที่โรงเรียนตราดสรรเสริญวิทยาคมเป็นสำนักงานชั่วคราวเพื่อดำเนินงานของศูนย์ และเดือนสิงหาคม พ.ศ.2548 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตราดได้ขอใช้พื้นที่และอาคารเรียนของโรงเรียนบ้านเนินโพธิ์(เดิม) จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาตราดซึ่งเป็นโรงเรียนที่ยุบไปแล้วและได้ดำเนินการปรับปรุงอาคารเรียนรวม ถึงพื้นที่ในส่วนต่างๆ ให้พร้อมใช้งานเป็นสำนักงานอย่างถาวร  นับแต่นั้นมาศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตราดจึงมีที่ตั้งอยู่ที่ 90/5 หมู่ 4 ถนนสุขุมวิท ตำบลท่าพริก อำเภอเมืองตราด จังหวัดตราด รหัสไปรษณีย์ 23000 เนื้อที่ 6 ไร่ 1 งาน 73.10 ตารางวา และมีเขตพื้นที่บริการประกอบด้วย 7 อำเภอ ได้แก่ อำเภอเมืองตราด  อำเภอเขาสมิง อำเภอบ่อไร่ อำเภอคลองใหญ่ อำเภอแหลมงอบ อำเภอเกาะช้าง และอำเภอเกาะกูด